蒙城縣城區現有污水處理廠兩座，其中蒙城縣清流污水處理廠位于老城區東側，建設規模3萬噸/日，2005年開工建設，2007年8月建成運行，2011年完成除磷脫氮技術改造，主要收集處理老城區約10.2平方公里范圍內的生活污水；蒙城縣污水處理二廠位于城南經濟開發區柳林路與莊子大道交叉口，一期工程2.5萬噸/日規模于2012年4月開工建設，2013年8月建成運行并通過環保竣工驗收，主體工藝采用卡魯塞爾2000型氧化溝+絮凝沉淀活性砂過濾工藝，剩余污泥采用板框式壓濾方式，主要收集處理鯤鵬路以南城南新區及道口工業園區范圍內的生活污水和部分工業污水。

截止到2014年底，蒙城縣城區污水管網總里程已達到200公里，管網已覆蓋整個城市規劃區，城市新區已全部實現雨污分流管網，老城區正在進行雨污分流管網改造。蒙城縣老城區污水收集系統部分區域采用雨污合流管網，部分新修改造路段采用雨污分流制。

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